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1、主体不同，立案的主体是人民检察院的侦监科，公诉的主体是是由人民检察院公诉科；
2、在案件中所处的阶段不同。批捕是侦查机关在立案侦查后，对案件的基本事实有了一定的了解，认为犯罪嫌疑人符合逮捕的条件与有逮捕的必要的，就会把案件移送到检察院侦监科申请逮捕犯罪嫌疑人，经检察院侦监科审查批捕后再移送回侦查机关继续侦查；审查起诉是侦查机关对案件侦查终结后移送到检察院公诉科请公诉科提起公诉，检察院公诉科就对这些案卷进行审查。
公诉的审查工作通常由法院的立案庭进行。人民法院接到原告的起诉后，应及时依法进行审查。审查应当从两个方面进行，首先，审查原告的起诉是否符合法律规定的积极条件和消极条件，对于符合条件的应当予以受理，否则不应受理。其次，要审查原告起诉的手续是否完备，包括起诉状是否具备法定内容、原告是否按被告的人数提交了起诉状副本。对于起诉状的内容有欠缺、起诉的手续不完备的，人民法院应限期当事人补正。
检察院提起公诉，作为起诉的一种类型，是指人民检察院对公安机关侦查终结、移送起诉的案件，进行全面审查，对应当追究刑事责任的犯罪嫌疑人提交人民法院进行审判的一项诉讼活动。提起公诉是人民检察院的一项专门权力，其他任何机关、团体和个人都不得行使。人民检察院作为国家的控诉机关，应当谨慎地行使控诉权，保证犯罪行为得到应受的惩罚，无罪的人不受刑事追究，以保护人权。
检察院提起公诉的程序包含下列活动：
1、作出提起公诉的决定。案件审查完毕，需要提起公诉的，应当由检察长决定或由检察委员会讨论决定。在实行主诉检察官办案责任制的情况下，主诉检察官对其办理的部分案件可以决定提起公诉。
2、制作起诉书。人民检察院作出起诉决定后，应当制作起诉书。起诉书必须加盖检察院的公章并附上有关证据目录、证人名单和主要证据复印件或者照片。
3、移送起诉书和其他证据材料。根据《刑事诉讼法》第一百五十条的规定，人民检察院提起公诉的案件，应当向人民法院移送起诉书、证据目录、证人名单和主要证据复印件或者照片。如果人民法院提出书面意见要求补充证据材料，人民检察院应当自收到通知之日起3日内移送。
人民检察院对于公安机关移送起诉的案件，应当在一个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长半个月。人民检察院审查起诉的案件，改变管辖的，从改变后的人民检察院收到案件之日起计算审查起诉期限
介绍一下刑事案件的正常流程，以及各个阶段的办理期限：一、（公安侦查阶段）强制措施期限：最少14日。拘留时间，一般不得超过14日，特殊情况最长37天；二、（公安侦查阶段）逮捕后的侦查羁押期限：最少2个月。1、对犯罪嫌疑人逮捕后，不得超过2个月；2、案情复杂、期限届满不能终结的案件，可以延长1个月；3、对符合刑事诉讼法第156条规定情形的，可以延长2个月；4、对犯罪嫌疑人可能判处10年有期徒刑以上刑罚的，依照刑事诉讼法第156条延长期限届满，仍不能侦查终结的，可以再延长2个月；5、发现另有重要罪行的，重新计算期限。三、侦查终结后，案件移送到检察机关，在检方（公诉科）审查起诉期限：最少1个月。1、审查起诉时间，1个月；2、重大、复杂案件，可以延长半个月；3、改变管辖的，改变后的检察院收到案件之日起计算；4、退回补充侦查，以两次为限，每次1个月；再移送到检方，期限重新计算。四、检方（公诉科）决定起诉，案件移送到法院，法院的审判期限：最少1个月。1、普通程序一审公诉案件，应当在受理后一个月以内宣判，至迟不得超过一个半月。特殊情况，经省、自治区、直辖市高级人民法院批准或者决定，可以再延长一个月。人民法院改变管辖的案件，从改变后的人民法院收到案件之日起计算审理期限。人民检察院补充侦查的案件，补充侦查完毕移送人民法院后，人民法院重新计算审理期限。2、适用简易程序审理案件，人民法院应当在受理后二十日以内审结。3、二审上诉、抗诉案件，应当在一个月以内审结，至迟不得超过一个半月。特殊情况，经省、自治区、直辖市高级人民法院批准或者决定，可以再延长一个月，但是最高人民法院受理的上诉、抗诉案件，由最高人民法院决定。
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