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法院对于亲子关系的认定，主要有两种形式：传统意义上的推定和现代意义上的亲子鉴定组成的证据证明亲子关系。
当事人一方起诉请求确认亲子关系，并提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以推定请求确认亲子关系一方的主张成立。
当事人出具的证据一般为以下几种：
(1)孩子的出生医学证明，记录了父母双方的身份信息.
(2)比如能证明男女亲密关系、或涉及孩子生育抚养问题的通话录音、短信邮件、照片视频、字据承诺、资金往来等证据;
(3)邻居的证言证明男女双方以夫妻名义共同生活等等证据。
亲子鉴定作为亲子确认制度的独立证据之一，越来越受到办案法官的信任，在司法实践中，多数法官认为推定亲子关系应在间接证据形成证据链条的前提下进行，少数法官则认为认定亲子关系无需形成证据链，即使存在单一的间接证据，只要能使其形成内心确认即可。
区别就是出生形式有所不同。一个是受法律保护的合法婚姻，一个是不受法律保护非法婚姻。非婚生子女的父母一般是不具有合法的婚姻关系,而婚生子女父母具有合法的婚姻关系。
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