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进项税额转出后应交增值税仍为零，进项税额转出额不需要交附加税费。进项税额转出额，不是附加税的计税依据，附加税不对进项税额转出额征税。附加税费通常指的是城建税、教育费附加、地方教育费附加，这三者的的计税依据是实际缴纳的（增值税+消费税）。
1、视情况而定。类似案件可以借鉴刑法理论上对于牵连犯的适用原则，按照“从一重处”的处断原则进行处罚，即首先要比较偷税与虚开发票哪一种罚款金额更重，然后选择重的方式予以处罚。
2、要看在立案前，涉案企业是否已作进项税额转出处理。
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